На сегодняшний день Национальный фармацевтический университет г. Харьков является одним из ведущих научно-исследовательских центров в области фармации. Научные исследования в университете проводятся по следующим основным направлениям:
• Синтез и анализ биологически активных веществ и выявление связей «структура-действие»;
• Разработка и создание новых лекарственных средств естественного происхождения;
• Разработка состава и технологий получения новых лекарственных форм;
• Создание не наносящих вред экологии, безотходных технологий;
• Разработка гомеопатических препаратов и парфюмерно-косметических средств;
• Проведение фармакологических исследований лекарственных препаратов и биологически активных веществ;
• Разработка новых методов анализа для быстрого выявления фальсифицированной лекарственной продукции;
• Исследования в сфере менеджмента и маркетинга в области фармации, педагогики и психологии высшей школы.
Основным направлением работы ученых можно назвать создание новых лекарственных препаратов. Сегодня в НФаУ есть серьезные наработки в данной сфере. Более 30 лекарственных средств, разработанных в стенах университета, введено в медицинскую практику; около 100 находятся на разных стадиях внедрения.